Діяльність наукового відділу Чорнобильського заповідника спрямована на забезпечення підтримки та розвитку бази даних, а також проведення наукових досліджень, вивчення радіаційної екології, збереження біорізноманіття та процесів відновлення екосистем у зоні відчуження. Відділ веде моніторинг радіаційного фону, досліджує вплив радіації на живі організми та розробляє стратегії відновлення екосистем після катастрофічних подій. Діяльність відділу також спрямована на пошук науково обґрунтованих рішень для збереження природного середовища та забезпечення сталого розвитку території. Науковий відділ є самостійним структурним підрозділом Заповідника, підпорядкованим директору Заповідника, підзвітний та підконтрольний безпосередньо заступнику директора з наукової роботи та міжнародної співпраці Заповідника.

До складу відділу входять:

• лабораторія флори та фауни;
• лабораторія фізичної географії та радіоекології.

Основні завдання:
Основними завданнями Відділу є:
• організація та проведення науково-дослідних робіт i спостережень на території Заповідника;
• розробка і впровадження наукових методів збереження біологічного та ландшафтного різноманіття, природних і історико-культурних комплексів і об’єктів в умовах їх рекреаційного використання за спеціальними програмами;
• проведення фонового моніторингу довкілля, оцінка і прогнозування змін екологічної обстановки на території.

Основні завдання лабораторії флори та фауни:

• організація та проведення науково-дослідних робіт i спостережень за екосистемами Заповідника та ландшафтним біорізноманіттям, об’єктами рослинного і тваринного світу;
• розробка і впровадження наукових методів збереження біологічного та ландшафтного різноманіття, природних і історико-культурних комплексів і об’єктів в умовах їх рекреаційного використання за спеціальними програмами.

Основні завдання лабораторії фізичної географії та радіоекології:
• організація та проведення науково-дослідних робіт i спостережень в частині досліджень абіотичних компонентів довкілля, зокрема радіаційного стану;
• фоновий моніторинг довкілля, оцінка і прогнозування змін екологічної обстановки на території.

Функції:

• забезпечує виконання науково-технічних заходів для збереження природної різноманітності ландшафтів, генофонду тваринного і рослинного світу, підтримки загального екологічного балансу;
• виконує або бере або участь у виконанні науково-дослідних робіт на замовлення органів виконавчої влади, установ НАНУ, наукових кураторів, інших установ і організацій на договірних засадах;
• координує виконання досліджень на території Заповідника;
• веде «Літопис природи» відповідно до чинних методичних вказівок та затверджує його в установленому порядку;
• самостійно та разом з іншими структурними підрозділами Заповідника розробляє річні плани роботи, наукові програми та інші документи;
• звітує у встановлені терміни про результати виконаних робіт, аналізує ефективність робіт та вносить пропозиції з підвищення її результативності;
• здійснює підготовку звітів за виконаними темами, офіційне рецензування і оформлення звітів;
• забезпечує проведення робіт з науковим куратором щодо перспектив розвитку наукових та науково-технічних робіт, опрацювання фактичних матеріалів досліджень за програмою «Літопис природи», створення відповідної бази даних;
• забезпечує проведення робіт за участю сторонніх наукових організацій та окремих спеціалістів у відповідному порядку;
• бере участь у реалізації міжнародних наукових програм і досліджень, пов’язаних із збереження ПЗФ;
• забезпечує поліпшення науково-видавничого рівня діяльності Заповідника, підготовку до друку монографій, збірників, наукових статей, тез, дисертацій;
• забезпечує підвищення професійного рівня наукових кадрів;
• вживає заходів до формування в Заповіднику необхідної організаційної і матеріально-технічної бази науково-дослідної діяльності;
• здійснює постійний розвиток і вдосконалення інформаційної і методичної бази для проведення ефективної науково-дослідної діяльності на сучасному рівні, забезпечує збирання і аналіз відповідного вітчизняного й зарубіжного досвіду;
• бере участь у локальній системі GPS-моніторингу;
• виконує інші функції, зумовлені покладеними на Відділ завданнями та дорученнями керівництва;
• здійснює ідентифікацію та оцінку виникнення ризиків у діяльності Відділу. Співробітники наукового відділу постійно працюють над власним професійним зростанням та активно беруть участь у наукових конференціях, де висвітлюють результати виконаних досліджень. Крім того, вони систематично публікують свої наукові здобутки та результати виконаних робіт у фахових наукових журналах, сприяючи обміну знаннями та впровадженню наукових досягнень.